“三自爱国运动”是指中国基督教在新中国成立后，为摆脱以往教会的半殖民地洋教形象，实现自治、自养、自传，团结全国信众积极参加国家建设的一项爱国爱教的运动。
当西方殖民主义、帝国主义列强侵入旧中国时，一些海外传教组织也随之进入，“传福音”、“建立教会”等等也成为西方列强手中的工具，在教会和人民群众之间造成对立，这引起中国教会一批爱国基督徒的不满。
19世纪70年代起，就不断有爱国基督徒主张独立自主，自办教会，甚至出现过全国性的自立教会组织，但因当时的情势，规模不大，存在的时间也不长。
新中国成立后,在吴耀宗倡导下，1950年7月，基督教界在光明日报上发表了《中国基督教在新中国建设中努力的途径》宣言，指出在基督教传入中国后的140年间,基督教同帝国主义"在有意无意、有形无形之中发生了关系"，号召信众拥护《中国人民政治协商会议共同纲领》，反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义，为建立一个独立、民主、和平、统一和富强的新中国而奋斗。
宣言号召“促成一个中国人自己所主持的中国教会”，为此，要“培养一般信徒爱国民主的精神和自尊自信的心理”。宣言发表后，迅速获得全国教徒的热烈响应。至1954年，签名拥护宣言的教徒已达40万人以上，几占当时全国基督徒人数的三分之二。
朝鲜战争爆发后，美国政府对中国实行经济封锁。当时仍需依赖美国差会款项来维持的中国教会受到严重影响。国内各地教会的代表发表《联合宣言》，谴责美国的侵略行径，号召中国的基督徒要发扬爱国主义精神，积极参加抗美援朝运动，充分认识帝国主义利用基督教进行侵略的历史事实，加速实现中国教会自治、自养、自传。随后，成立了以吴耀宗为主席的中国基督教抗美援朝、三自革新运动委员会筹备委员会。
1954年，第一届中国基督教全国会议在北京举行。为进一步实现中国基督教在爱国爱教基础上的大团结，会议重申三自运动尊重各派的信仰和礼仪，并正式成立中国基督教三自爱国运动委员会。吴耀宗当选为主席。
1961年在上海举行第二届中国基督教全国会议，号召全国信众积极参加社会主义建设事业，并办好教会。吴耀宗再次当选为中国基督教三自爱国运动委员会主席。
1980年在南京举行第三届中国基督教全国会议。会议肯定了30年来三自爱国运动的成绩，并指出：三自爱国运动的创业阶段已经过去，但三自的任务未了，基督教界人士和教徒应进行以加深对三自的认识为内容的再教育，同时要从自办教会发展到办好教会。会上成立了新的全国性教务机构──中国基督教协会。
中国基督教三自爱国运动委员会同中国基督教协会本着独立自主、自办教会的方针，不断向前发展。教牧人员全由中国人担任，教会行政事务由中国教会自主管理,经济也由中国教会自己维持;在神学思想和崇拜礼仪上，也逐步形成基督教中国化的发展道路。全国有25个省、直辖市、自治区先后成立了基督教三自爱国运动委员会和教务机构。除金陵协和神学院外，还新设立了一批地方性的神学院校，印行国内多种民族文字的《圣经》及各种基督教书刊。此外，应在互相尊重和平等的基础上进行对外交流。
中国基督教三自爱国运动的重要成果，是结束了宗派林立，互相对峙的局面。《中国基督教协会章程》规定“本会高举耶稣基督并他钉十字架，联合全国各地教会连于元首基督，共同发扬基督肢体的作用，建立基督的身体，为福音作美好的见证；积极开展神学思想建设；为全国各地教会在圣工上提供服务；坚持联合礼拜，并主张在信仰观点和礼仪上互相尊重，在众肢体间的关系上用爱心互相宽容，用和平彼此联络，竭力保守圣灵所赐合而为一的心”。从而使中国教会并非是清一色而是多色彩的，同时有利于实现教会的团结合一。
随着中国教会的发展，以及诸多的美好见证，已有越来越来的人士表示支持中国教会的“三自“原则，中国教会以独立自主的姿态出现在普世教会之中，获得普遍的尊重。